A busca por cultivares de algodão tolerantes aos vários tipos de estresses bióticos e abióticos é fundamental, uma vez que a cotonicultura tem grande expressão econômica e importância mundial. O algodão é um dos produtos agrícolas de maior relevância financeira do grupo das fibras, pelo volume e valor da produção. O cultivo também tem grande importância social, pelo número de empregos diretos e indiretos que gera.
O RNA total é usado em diversos tipos de análises de expressão gênica, na caracterização de transcritos, no RT-PC e na construção de bibliotecas de cDNA e ESTs, de acordo com o método Northern. Recomenda-se, para essas análises, a purificação da molécula de RNA, de forma que elas estejam intactas e completas, no comprimento, além de puras e íntegras.
A principal preocupação na extração do RNA, por ser uma molécula instável, é evitar a sua degradação por ribonucleases (Rnases), que são enzimas muito resistentes a vários tratamentos, inclusive aos térmicos, como fervura e autoclavagem. A utilização de agentes desnaturantes fortes permitem a quebra das células e a inativação das ribonucleases.
No método básico, a extração é feita com fenol, seguida da precipitação do RNA por etanol. Para diminuir a contaminação das soluções, equipamentos, vidrarias e reagentes por RNAses, é recomendável a autoclavagem e/ou tratamento com dietilpirocarbonato – DEPC –, que é um forte inibidor de RNAses.
A presença de compostos fenólicos no material vegetal dificulta a obtenção de um RNA Total de boa qualidade. Esses compostos estão presentes em todos os vegetais e congregam um grupo heterogêneo de substâncias, umas de estruturas químicas simples e outras mais complexas. Os complexos fenólicos causam oxidação no produto final da extração DNA ou RNA, de maneira irreversível, tornando-o inviável para posterior uso nas técnicas de biologia molecular. No algodão, o problema é agravado pela abundância desses compostos em suas folhas.