Em comparação com o Plantio Direto sobre coberturas tradicionais – aveia, milheto, trigo, milho safrinha – as maiores mudanças que acontecem no sistema de Integração Lavoura-Pecuária, são: a relação de carbono para nitrogênio (C:N) e a alelopatia – capacidade de as plantas, superiores ou inferiores, produzirem substâncias químicas que, liberadas no ambiente de outras, influenciam de forma favorável ou desfavorável o seu desenvolvimento.
A palhada dessas plantas forrageiras apresentam alta relação de carbono para nitrogênio, chegando a mais de 120 para um. A alta relação associada a um déficit hídrico no período que vai da dessecação da pastagem até 25 dias após a emergência da soja, gera um grande déficit de nitrogênio no solo. Isso acontece porque o nitrogênio fica imobilizado pelos microorganismos do solo e a falta de umidade atrasa o processo de decomposição da matéria orgânica, a liberação de nitrogênio e demais nutrientes no solo.
Em certas ocasiões, principalmente no Plantio Direto da soja sobre B. brizantha (braquiarão), quando ocorre demora na morte da planta forrageira, aliada à baixa precipitação no período entre dessecação e estágio V4 (25 dias após a emergência – d.a.e.), a soja apresenta um desenvolvimento inicial lento e demora para fechar as entrelinhas. Isso é atribuído também à alelopatia e não somente à relação C:N. Entretanto, não há pesquisas que comprovem o efeito da alelopatia sobre a cultura, e em situações de dessecação eficiente, com boa precipitação no período, possivelmente a água da chuva lava e/ou dilui estas substâncias alelopáticas e o desenvolvimento da soja é normal.