A primeira aplicação de probióticos na aquicultura parece ser recente, mas o interesse nesta área tem sido cada vez maior.O ambiente de vida dos animais aquáticos é completamente diferente dos animais terrestres. Na maioria das espécies terrestres, o desenvolvimento inicial se dá em meio amniótico, que serve como uma proteção. Já para peixes e outros organismos aquáticos, as larvas que eclodem das desovas ainda não têm seu trato digestivo completo, sendo, portanto, passíveis de sofrerem contaminações por microrganismos patogênicos. Desta forma, o uso de probióticos torna-se interessante nesta fase de desenvolvimento.
Outro fato relevante em organismos aquáticos é que estes possuem sua microflora gastrintestinal composta em sua grande maioria por microrganismos transeuntes, isto é, bactérias livres no lúmen intestinal, diferentemente dos animais domésticos, onde a maioria dos componentes da flora microbiana está associada ao epitélio intestinal, sendo, portanto, permanentes.
O ambiente em que vivem os peixes exerce influência de forma significativa na composição da população microbiana do trato digestivo. Estes animais não regulam a temperatura corporal e a associação de microrganismos no lúmen intestinal pode variar conforme a temperatura. A salinidade é outro ponto importante na determinação desta população. Assim, a água dos tanques e a própria alimentação dos animais pode fornecer microrganismos que se associarão àqueles presentes no trato gastrintestinal.
Atualmente, alguns produtos comerciais têm sido explorados, partindo-se do pressuposto de que as bactérias que melhoram a qualidade da água dos tanques de criação podem ser benéficas à saúde dos animais. Estes produtos são tidos, então, como "probióticos", e a maioria deles contêm bactérias nitrificantes e/ou Bacillus spp., que se trata de grupos diferentes de microrganismos. Porém, ambos não são residentes naturais do trato gastrintestinal de espécies aquáticas, contradizendo algumas definições de probiótico.
O trato digestivo de peixes contém uma quantidade maior de microrganismos do que o meio aquático, totalizando cerca de 108 células/g. Após a desova, o trato digestivo das larvas é colonizado por bactérias do gênero Pseudomonas, Cytophaga e Flexibacter.
As bactérias ácido láticas são caracterizadas como Gram-positivas, não esporuladas, cujo produto principal de sua fermentação é o ácido lático. Estas bactérias estão normalmente presentes na microflora intestinal de peixes. A colonização do trato gastrintestinal por este grupo de microrganismos pode inibir o efeito tóxico de bactérias proteolíticas, que produzem putrescina. A putrescina é uma amina biogênica com função.
Nikoskelainem et al. (2001), estudando potencial de seis probióticos de uso humano e um de uso animal com vistas ao uso em peixes demonstraram habilidade de adesão à mucosa, resistência à bile dos peixes, bem como a supressão do crescimento de patógenos como Aeromonas salmonicida, Vibrio anguillarum, Flavobacterium psychrophilum, o que revela a possibilidade do uso destes icrorganismos como probióticos em peixes. Carnevali et al. (2004) concluíram que administração conjunta de Lactobacillus spp, através de alimentação seca ou viva, promoveu a colonização do intestino de larvas de sea bream (Sparus aurata) e a diminuição da mortalidade dos animais durante a larvicultura e alevinagem.
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