Os trabalhos usando marcadores moleculares analisam a diversidade genética do algodão e promove informações que são incorporadas ao melhoramento genético da sua cultura. Dentre os marcadores existentes, destacam-se os microssatélites (SSR), que auxiliam na detecção de polimorfismo a nível de DNA. Um estudo realizado no Estado da Paraíba teve por objetivo verificar a presença do polimorfismo em 19 cultivares da espécie Gossypium hirsutum L..
Os genótipos analisados são linhagens avançadas, variedades dos programas de melhoramento da Embrapa Algodão da Bahia, Goiás, Mato Grosso e do Semi-árido Nordestino. Foram testados os primers CIR, NAU JESPR, PAR e CMS. Dos 16 primers amplificados, dez foram monomórficos, correspondendo a 62,5%, e seis apresentaram polimorfismo, 37,5% do total. Os primers monomórficos foram: JESPR157, JESPR228, NAU858, NAU966, NAU1215, PAR127, PAR851, CMS21, CIR063 e CIR082. E os polimórficos foram: NAU864, JESPR292, BNL3408, BNL4085, CIR017 E CIR081.
Para o estudo, extraiu-se DNA genômico pelo método SDS, foram aplicados em géis de agarose, submetidos a eletroforese e corados com Sybr Green, para verificação da integridade, eficiência da extração e quantificação. Cada DNA teve sua concentração ajustada para 10ng/µL. A verificação do polimorfismo foi feita por comparação dos produtos de amplificação de cada genótipo em reações PCR, usando pares de microssatélites. Os produtos da amplificação dos primers foram separados por eletroforese em gel desnaturante de poliacrilamida a 6% e corados com nitrato de prata.