Nas pesquisas de melhoramento genético da mangueira uma das dificuldades enfrentadas é a contaminação por microrganismos, especialmente na micropropagação, que utiliza métodos modernos de cultura de tecidos vegetais in vitro. Esses invasores desenvolvem-se rapidamente, alimentando-se dos nutrientes e produzindo toxinas, o que pode até matar o explante.
Segundo dados Embrapa Cerrados, do Distrito Federal, a micropropagação de mangueira é utilizada para conseguir porta enxertos provenientes de cultivares de sementes monoembriogênicas, rápida obtenção de plântulas de cultivares anões selecionadas e para atuar no manejo a médio e curto prazo de recursos genéticos.
Com o objetivo de aprimorar os protocolos de descontaminação superficial, identificar os fungos e as bactérias e controlar o crescimento dos microrganismos endógenos, estudo da entidade analisou metodologia adequada para solucionar o problema. Para isso, foram realizados testes de controle no campo experimental, adição de antibióticos e fungicidas ao meio da cultura, além de estudos preliminares para identificação e localização dos focos de inóculos.
Ao todo, foram encontrados nove gêneros de fungos, e verificou-se que a contaminação é proveniente de fragmentos de tecidos externos. Como medida de controle, os pesquisadores sugerem a utilização de fungicidas no campo experimental. A Embrapa mostra que o controle de crescimento de fungos em meio de cultura inoculados com segmentos nodais de mangueira exige o tratamento das matrizes no campo e a inclusão de fungicidas. Outra conclusão é de que o Carbedazim pode ser utilizado como substituto ao Benomyl nos protocolos de descontaminação superficial dos explantes.
Também foi isolada uma bactéria Gram Negativa, denominada "B". Para o controle de crescimento dela, o extrato de própolis foi eficiente nas concentrações 0,5 e 1%, ao contrário da própolis bruta, que não controlou o crescimento dessa bactéria.