Após vários anos de pastagem, comparando a soja em Plantio Direto com o plantio convencional, verifica-se que este último geralmente proporciona um maior desenvolvimento inicial, principalmente quando não se usa correta adubação no sulco de plantio no sistema Plantio Direto, onde se inclui solubilidade do fósforo e uma dose de nitrogênio para arranque.
O que ocorre é que no sistema convencional acontece incorporação da matéria orgânica, aumentando a velocidade de decomposição e mineralização da matéria, liberando nutrientes ao solo (principalmente nitrogênio e fósforo), como também diminuem possíveis efeitos alelopáticos. No entanto, este maior desenvolvimento inicial da soja não significa maior produtividade.
Para evitar tais problemas desse nível recomenda-se manejar corretamente a pastagem com os animais, num período anterior à dessecação, para diminuir a quantidade de palha da superfície do solo, afinal, o excesso de palha nesse sistema traz mais problemas que benefícios. É importante também dar um intervalo maior entre a dessecação da pastagem e plantio da soja (10 a 30 dias), possibilitando o estreitamento da relação de carbono para nitrogênio e a lavagem de possíveis substâncias alelopáticas.
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