Nos últimos anos, doenças da soja como a ferrugem asiática (Phakopsora pakyrhizi), a mancha-alvo (Corinespora cassiicola), a antracnose (Colletotrichum dematium var. truncata) e as velhas e conhecidas doenças de final de ciclo como a cercosporiose (Cercospora kikuchii) e a septoriose (Septoria glycines), têm se destacado pela incidência e pelos danos causados à produção no Mato Grosso do Sul.
Em especial, após o advento da ferrugem asiática da soja, a partir da safra 2001/2002, o uso de fungicidas químicos tornou-se imprescindível, encarecendo o custo da produção e exigindo dos produtores e dos técnicos que os assistem, o monitoramento intenso da lavoura, conhecimento específico sobre produtos, dosagens mais eficientes para cada situação e competência em relação à tecnologia aplicada. Some-se a isso as práticas normalmente aplicadas no controle de doenças, a exemplo do uso de cultivares resistentes, populações adequadas, rotação de culturas, escolha da melhor época de semeadura, tratamento e utilização de sementes de qualidade e adubações equilibradas.
A cada ano aumentam os problemas relacionados a doenças na cultura da soja no Brasil. A razão disso é consequência direta de alguns fatores, entre eles a expansão da área de cultivo no país, principalmente para novos ambientes, a utilização de cultivares com pouca variabilidade genética entre si, o sistema de monocultura empregado em algumas regiões, e também devido à sucessão de soja no verão e milho no inverno, especificamente na área centro-sul do Mato Grosso do Sul.
Este cenário tem causado preocupação aos agricultores, visto que as lavouras muitas vezes não atingem o potencial máximo de produtividade em virtude da ocorrência do complexo de doenças, cuja manifestação acomete todos os estágios de desenvolvimento da cultura.
A importância de cada doença varia de um ano para o outro, entre as várias regiões, entre propriedades de uma mesma região e até mesmo entre talhões de uma mesma propriedade. Isso depende da cultivar utilizada, época da semeadura, nível de tecnologia empregado e, sobretudo, das condições do clima em cada safra.