A obtenção de genótipos de algodoeiro tolerantes à seca tem sido alvo de vários estudo em nível molecular. Estudos foram realizados pela Embrapa Algodão, na PB, visando identificar ESTs de algodoeiro potencialmente relacionadas à tolerância do déficit hídrico presentes no banco de dados públicos The Cotton Genome Database – CottonDB. Concluiu-se que esse banco e a estratégia de “mineração” adotada são adequados para a seleção de genes do algodoeiro de interesse agronômico.
A estratégia usada evidenciou que 140 “iscas” apresentaram valores de similaridade significativos. Foram identificadas 5.915 ESTs não redundantes, sendo que, do total, 2.723 podem estar relacionadas aos sensores de sinal, 1.494 ao controle transcricional e 1.698 aos mecanismos de resposta ao sinal. Somente seis “iscas” não apresentaram analogia com as ESTs do banco de dados, provavelmente por se originarem de genes relacionados à tolerância ao frio e pela inexistência de bibliotecas construídas a partir de plantas submetidas ao estresse térmico.
A partir do GenBank, foi gerado um conjunto de 146 sequências protéicas envolvidas nas respostas a estresses abióticos, já caracterizados em outras espécies vegetais. Essas foram estratificadas em três grandes grupos: sensores de sinal, controle transcricional e mecanismos de resposta ao sinal; e, mais adiante, usadas como “iscas”. Depois, efetuou-se a “mineralização” das sequências, com a ferramenta tBlastn, tentando identificar as ESTs com e-value menor ou igual a dez (≤ 10), potencialmente relacionadas à tolerância do algodoeiro ao déficit hídrico.