A cultura do milho safrinha continua sendo a principal opção no período outono/inverno no Mato Grosso do Sul. Por outro lado, o atraso no plantio da soja e os baixos preços indicam redução da área plantada de milho em 2009, conforme mostra estimativas da Companhia Nacional de Abastecimento (CONAB) que reduziu a produção em 6,8% para o milho 2ª safra - 2009, em relação à safrinha anterior. Com isso, os atrasos no plantio da soja e na colheita safra 2008/09 diminuíram ainda mais a produtividade do milho safrinha, que gira em torno de 55 sacas por hectare.
Um dos principais causadores dessas perdas é o plantio fora da época de semeadura, assim como os veranicos, geadas e altos teores de alumínio que também limitam a produtividade. De acordo com a Fundação MS, para que o produtor rual consiga sucesso na produtividade, o plantio deve ser realizado a partir do mês de fevereiro até 15 de março, em áreas férteis, com baixos teores de alumínio no subsolo e bons índices de matéria orgânica. Esta prática proporciona redução nos custos com fertilizantes nitrogenados e maior retenção de água. Para otimizar a produção, o produtor tem à disposição no mercado híbridos com altos potenciais produtivos, estáveis, com boa sanidade, baixo acamamento/quebramento e boa qualidade de grãos.
A sucessão de culturas com soja na safra e milho, na safrinha, é outro fator que também limita a produtividade e pode gerar degradações físico-químicas e biológicas dos solos, ocasionando o aumento de pragas, doenças e plantas daninhas. Segundo a Fundação MS, devido ao fato de o sistema agrícola não ser eficaz da forma como é realizado hoje, o que ocorre é o aumento nos custos de produção da soja e do milho safrinha. Como recomendação, o produtor deve realizar o plantio de milho safrinha entre 50 e 70% da área, deixando espaço a outras culturas para rotação, como por exemplo crambe, aveia, trigo, nabo forrageiro e braquiárias. Esse sistema pode reduzir a incidência de pragas, doenças e aumentar a reciclagem de nutrientes.