Os marcadores do tipo microssatélites (SSR) vêm sendo bastante utilizados como ferramenta útil em programas de melhoramento vegetal. O trabalho da Embrapa Algodão objetivou a obtenção de SSRs a partir de ESTs potencialmente relacionadas à tolerância do algodoeiro ao estresse hídrico. Embora o algodoeiro apresente características de tolerância à seca, a produtividade de sua fibra está diretamente relacionada ao volume de água absorvido pela planta durante o desenvolvimento.
Células vegetais desenvolveram sistemas de proteção elaborados, que as auxiliam na resposta aos diversos tipos de estresses abióticos, como o hídrico. As proteínas kinase catalizam o evento de fosforilação, o qual se constitui em mecanismo chave em eventos de transdução de sinal intracelular em células vegetais.
A pesquisa foi realizada in silico, na qual foram obtidos sete genes das proteínas kinases dependentes de cálcio, previamente caracterizados em outras espécies vegetais, a partir do GenBank, com a intenção de serem usados como “iscas”. Em seguida, por meio de aplicativo computacional tBlastn, efetuou-se a mineração de sequências para a obtenção de ESTs com e-value menor ou igual a dez (≤ 10).
Com o software MREPS, utilizando os 1048 ESTs resultantes do emprego das “iscas”, foram identificados 166 SSRs de acordo com os seguintes caracteres: 2-6 motivos de base SSR, com estrutura perfeita e core mínimo de 12 bases. Pelos mesmos parâmetros e, utilizando o aplicativo Primer3, foram desenhados 91 pares de primers flanqueando esses SSRs. Os primers serão usados em estudos de mapeamento genético, em populações segregantes, oriundas de genótipos contrastantes, para tolerância ao déficit hídrico.