O Pantanal está localizado na porção central da América do Sul e ocupa uma área de aproximadamente 140.000 km² distribuídos entre os Estados de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul. Várias publicações definem-no como um bioma, entretanto o pesquisador da Embrapa Pantanal, Walfrido Moraes Tomás, responsável pelo Laboratório de Fauna Silvestre, prefere que se utilize o termo macro-ecossistema, uma vez que, para o pesquisador, tal nomenclatura “define melhor a complexidade de ambientes e condições ecológicas existentes na planície pantaneira.”. Para ele, o Pantanal é um ecossistema do bioma savana, assim como o Cerrado.
Os limites desse macro-ecossistema podem ser definidos como as áreas que inundam de acordo com a estação, diferente, por exemplo, do que ocorre nas bordas como as áreas de tensão ecológica entre planície e planaltos do entorno. Divide-se de acordo com suas características de inundação, fauna, solos, declividade, altitude, enfim, de acordo com suas especificidades ecológicas, em diferentes sub-regiões: Corixo Grande, Cuiabá, Piquiri/São Lourenço, Paraguai, Leque do Taquari, Rio Taquari, Aquidauana/Negro, Miranda, Nhecolândia e Paiaguás A divisão tradicional, usada pela população local, é baseada nos limites de municípios.
O Pantanal, de acordo com Walfrido Tomás, tem de ser tratado como macro-ecossistema, com características próprias, às quais fauna e flora estão adaptadas. Para prosseguir com as pesquisas, respeitando a biodiversidade da região, a Embrapa Pantanal estuda e aplica em sua propriedade o que chama de agroecologia, ou seja, o manejo das pastagens de forma sustentável.
Para o pesquisador, se o pasto é o alimento natural dos animais com os quais se pratica pecuária extensiva, deve ser seu alimento principal, independente do sistema de produção e da localização da propriedade, e é isso o que se busca com a pecuária extensiva, que vem sendo praticada há mais de 200 anos na região da planície, sem prejuízo para o ecossistema. Contudo, algumas áreas retiram o pasto nativo e em seu lugar plantam braquiária, tipo de pasto usado para engordar mais rapidamente o gado.
Tomás acrescenta que “devido às especificidades do macro-ecossistema, o código florestal devia ser revisto, principalmente no que diz respeito às áreas protegidas, para que se possa continuar praticando pecuária sustentável, num lugar em que as leis seriam cumpridas mais facilmente, por estarem de acordo com as características da região.”