Em todas as civilizações, a transformação, a conservação e a utilização da de energia em várias formas (térmica, mecânica, elétrica, eletromagnética) são estratégicas e de fundamental importância para o desenvolvimento econômico e social. Para garantir suprimento de energia para toda a população mundial até 2050 será preciso dobrar o volume de energia em relação à atualmente utilizada. Hoje, ainda há grande dependência energética, tanto do petróleo quanto do gás natural. A busca por alternativas renováveis se deve ao esgotamento das reservas de combustíveis fósseis, à demanda por independência e segurança energéticas, bem como à necessidade de redução de emissão de gases do efeito estufa na atmosfera. Diante desse quadro, cada país passou a se organizar na busca por alternativas de energia renovável para compor a sua respectiva matriz energética.

O Brasil é um dos poucos países com capacidade para ampliar expressivamente a produção de insumos energéticos provenientes da biomassa, tanto por seu vasto território e recursos naturais quanto pela vocação agrícola e florestal. A biomassa já tem expressiva participação no Balanço Energético Nacional. Segundo os dados oficiais do Ministério das Minas e Energia relativos a 2009, cerca de 47,3% do total da energia ofertada no Brasil, foram obtidos de fontes renováveis, sendo  28,3  % provenientes de biomassa, 15,2 % de energia hidroelétrica e 3,8 % de outras fontes (incluindo biodiesel). Provavelmente em 2011, ou no máximo em 2012 haverá equilíbrio na oferta interna de energia proveniente de fontes renováveis e não renováveis.

Além disso, os avanços obtidos na substituição de combustíveis fósseis por biocombustíveis, como o etanol e o biodiesel, colocam o país em destaque no cenário mundial e servem de modelo e inspiração para que outras nações sigam caminhos similares na utilização da agroenergia.  Essa situação permite que tecnologias, produtos e serviços brasileiros sejam fornecidos a diferentes parceiros e clientes de vários países e continentes.

Em 2006, com o lançamento do I Plano Nacional de Agroenergia (PNA 2006-2011) pelo Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, o País se organizou em relação a esse tema, definindo diretrizes de política pública para o negócio de agroenergia do Brasil e impulsionando os esforços público-privados para a agenda da substituição de combustível fóssil e  do desenvolvimento sustentável.

No contexto desse Plano, coube à Embrapa coordenar ações institucionais e um programa de desenvolvimento tecnológico que otimizem as matérias primas atuais e potenciais do país e a utilização da energia nela contida.  Atendendo a proposta do I PNA, foi criado, em 24 de maio de 2006, o Centro Nacional de Pesquisas de Agroenergia. Esse Centro, cuja assinatura síntese é Embrapa Agroenergia tem como missão: “viabilizar soluções tecnológicas inovadoras para o desenvolvimento sustentável e equitativo do negócio da agroenergia do Brasil, em benefício da sociedade”. O Plano de Desenvolvimento Estratégico dessa Unidade (PDU) pode ser consultado em http://www.cnpae.embrapa.br/pdu

Em três anos e meio de funcionamento efetivo como instituição de PD&I e com a execução de projetos nas quatro plataformas do PNA (Etanol, Biodiesel, Florestas Energéticas, Resíduos e Co-produtos), a Embrapa Agroenergia alinhou perfeitamente sua forma de atuação à do sistema Embrapa, que há 37 anos desenvolve trabalhos de pesquisas com excelência em produção de biomassa. Nesse sentido, a Embrapa Agroenergia complementa e revigora as pesquisas para fins energéticos já desenvolvidas nas demais unidades da Embrapa, potencializando competências, redes de conhecimento e recursos materiais e financeiros, em busca do cumprimento de sua missão e objetivos.

Em 02 dezembro de 2010, a Unidade inaugura a Sede própria, com modernos laboratórios e plantas-piloto que se diferenciam dos das demais Unidades da Embrapa, por contar com facilidades para pesquisa básica e aplicada de processos industriais, além da caracterização e desenvolvimento de matérias-primas vegetais e outros insumos para processos de transformação a aproveitamento da energia neles contida.

Com as pesquisas realizadas e o conhecimento gerado, a Embrapa pode contribuir na tomada de decisões públicas e privadas com dados técnicos consistentes. Estrategicamente, será fundamental que o Brasil amplie a aplicação de recursos em PD&I, visando saltos de competitividade, incrementando o suprimento de energia proveniente de fontes renováveis e fortalecendo ainda mais a liderança do país na produção de matérias primas de interesse energético, biocombustíveis e co-produtos de elevado valor agregado.