Para obter-se um produto de boa qualidade é de fundamental importância que sejam considerados alguns fatores, tais como: utilização de variedades adequadas para a finalidade desejada; manuseio adequado das raízes, desde o campo até a mesa do consumidor; e outros.

A qualidade dos produtos hortícolas é originada no campo, influenciando na vida útil (vida de prateleira) desses produtos. A colheita das raízes é uma etapa importante do processamento e deve ser realizada nas primeiras horas do dia para evitar a rápida deterioração do produto devido ao calor de campo (calor do sol), que pode ser absorvido pelas raízes durante o dia. Quanto mais calor absorvido pelas raízes após a colheita, menor será a sua durabilidade. A colheita de raízes de mandioca pode ser realizada de forma manual, mecanizada ou semimecanizada, sendo utilizados fofadores na semimecanizada, que facilitam o arranquio das raízes, entretanto esse equipamento danifica muito as raízes.

Outros cuidados importantes devem ser tomados, tais como: evitar danificar as raízes no arranquio e na separação da raiz da planta ou da cepa; evitar bater ou jogar as raízes, pois propicia o apodrecimento e sabor amargo; selecionar as raízes de tamanho e formato adequado e armazenar para o transporte preferencialmente em caixas plásticas retornáveis, se isso não for possível, as raízes podem ser acondicionadas em caixas do tipo K.

Após a colheita, as raízes devem ser transportadas o mais rápido possível para um local fresco, e não devem permanecer em contato direto com o sol. O ideal seria resfriar o produto para retirar o calor de campo em água fria ou em câmara fria. Como isso ainda é muito difícil de ser realizado na grande maioria das propriedades rurais, recomenda-se o transporte do produto rapidamente para a sombra. No trajeto do campo para o galpão de preparação ou para a venda do produto, ele deve ser coberto com lona apropriada ou restos de culturas, como capins secos, por exemplo. As condições adequadas de armazenamento das raízes de mandioca de mesa in natura após a chegada do campo é, preferencialmente, em refrigeração com temperatura em torno de 3 ºC e umidade relativa alta em torno de 95%. Se não for possível, o produto deve ser mantido à sombra e comercializado o mais rápido possível, pois a sua durabilidade é muito pequena. A raiz de mandioca é um produto vivo e por isso, após a colheita irá consumir suas reservas para manter-se nessa condição. Quanto mais adequado for o manuseio do produto, maior será a sua durabilidade (vida útil ou de prateleira).

Devido à elevada concentração de água, a conservação da raiz no período de pós-colheita é um dos principais problemas e estima-se que cerca de 20% a 25% da mandioca destinada ao consumo humano comercializado na forma in natura são perdidos.

Os fatores que afetam a conservação das raízes de mandioca após a colheita consistem no escurecimento das raízes que está diretamente associado com os danos mecânicos (compressão, impacto, vibração) que ocorrem durante a colheita e manuseio inadequado após a colheita, sendo essa alteração iniciada nos locais onde ocorrem esses danos e se espalham por toda a raiz. Os cortes, batidas, arranhões e outros ferimentos também servem de porta de entrada para os microrganismos que causarão o apodrecimento das raízes. Quanto à deterioração pelo escurecimento, a maior ou menor resistência das raízes de mandioca está relacionada com o clima; o solo; a cultivar; a idade da planta; o método utilizado na colheita e o transporte e armazenagem das raízes; sendo, provavelmente, a composição química e a concentração de enzimas (que fazem parte da própria raiz) e substratos (nesse caso, o ar atmosférico) as principais responsáveis.