A principal doença primária do café, a ferrugem (Hemiléia Vastratrix), é ainda muito preocupante para o produtor. Já existem várias linhagens com resistência a tal doença, o que aumenta ainda mais a preocupação com as doenças consideradas secundárias no cafeeiro, tais como a Phoma- Ascochyta, a Cescosporiose, e a Mancha Aureolada (Pseudomonas seryngae).

O principal motivo de preocupação com essas doenças deve-se aos prejuízos que elas causam na lavoura, principalmente a diminuição na produção. Considerando que as condições de mercado passam por um período favorável e esse quadro pode se estender por alguns anos, segundo alguns analistas de mercado, muitos produtores estão preocupados com qualquer fator que possa vir a prejudicar a condução de uma lavoura vigorosa e produtiva.

Outro aspecto importante é o clima propício, ora a planta passa por um estresse hídrico devido aos veranicos, ora o excesso de chuvas forma um microclima na planta totalmente favorável ao aparecimento da Phoma e da Mancha aureolada, no que se refere às regiões de altitude, combinando o frio com a umidade. No caso da Phoma, o desbalanço de nitrogênio em relação ao potássio pode favorecer a doença.  A que se refere à Cercosporiose, fica mais evidente que o desbalanço nutricional, favorece o aparecimento do fungo. Isso tem se agravado em regiões mais quentes e no período seco, não deixando de existir nas outras regiões cafeeiras.

Segundo os pesquisadores J.B. Matiello e S.R. Almeida, devido ao aumento da produtividade dos cafezais nos últimos anos, eles se tornaram mais susceptíveis às doenças, já que as reservas de defesa na folhagem são usadas na frutificação.  

Para diminuir os ataques e prejuízos, o manejo do cafezal é muito importante. Lavoura bem nutrida, com quebra ventos em regiões de altitude e bem conduzida em relação às plantas daninhas é a melhor e mais barata forma de reduzir a entrada dessas doenças consideradas secundárias. Outra forma refere-se ao controle químico, cujo método é muito usado, mas às vezes pouco explorado devido à falta de conhecimento técnico.

Os produtos indicados para o controle dessas doenças são em sua maioria protetores, e sua aplicação coincide com o período mais crítico da planta, época a qual está na fase de granação e enchimento dos frutos (80-100 dias após a florada). Alguns cúpricos são bastantes utilizados no pós-colheita, já que a função é proteger antes mesmo de um ataque. Na época de maior infestação são usados fungicidas como: Opera, Aproach-prima, PrioriXtra para a Cercosporiose,  Cantus,  Belkute, Folicur+Rovral  para a Phoma, além disso uma mistura com cúpricos pode ajudar também no controle da ferrugem. No caso da mancha aureolada, a melhor prevenção é nas mudas antes mesmo de ir ao campo, e para proteção recomenda-se o Kasumin. Para uma lavoura em produção também é muito usado como curativo, mas vale ressaltar que em período chuvoso, seu efeito é muito reduzido.